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成吉思汗在世时，窝阔台和察合台的兀鲁思都被分封在今阿尔泰山和天山之间的草地上。在蒙古大汗的汗位转移到拖雷系（1250）的斗争中，窝阔台系诸王遭到严厉的镇压，份地被切割分离，势力大衰。察合台后王则因乃祖曾经出镇西域的便利，逐渐向天山以西直到阿姆河北的绿洲诸城伸展势力。而按蒙古旧制，农耕城郭之地本来应当是由大汗负责掌管的黄金家族共有财产。1260年初，忽必烈为争取西道诸王的支持，把阿尔泰山以西直至阿姆河之地交给察合台后王治理，标志着大汗正式承认了察合台后王对这个地区的实际控制权。不过这时候畏兀儿地区和今新疆南疆诸城镇还没有被察合台汗国所据有。
但是察合台汗国的势力，立即受到1260年前期迅速崛起的窝阔台后王海都的挑战。这个杰出的草原骑士是蒙古宗王中极少不嗜酒的人。他团聚窝阔台系诸王，乘当时多变的形势，将锡尔河以东的大片草原地区纳入自己势力范围，并因此与察合台汗国起衅。1269年，海都约察合台后王八刺、钦察汗忙哥帖木儿在塔刺思河举行三系忽里台，共同反对忽必烈和伊利汗朝。塔刺思大会标志了窝阔台、察合台后王正式脱离大汗的政治控制。八剌因为在河中的牧地不够，在海都支持下逾阿姆河攻击伊利汗国，兵败，不久死去。察合台汗国实际上成为听命于海都的附庸。
从1270年直到14世纪之初，元朝与以海都为首的窝阔台、察合台汗国为争夺畏兀儿及其以西的塔里木盆地沿边城市反复交战。为牵制元朝在天山南北的军事行动，海都多次攻入岭北（即蒙古草原），用这种战略迫使元军收缩在西部的战线。1290年，元朝被迫把畏兀儿王族迁到甘肃永昌。十三四世纪之交，元军退出畏兀儿及以西地区。火州（在今新疆土鲁番）成为察合台汗国东境的边城。1301年，海都率两系大军在阿尔泰山岭中的帖坚古之地与元朝交战，重创元军。但此后不久，他因病死去。中亚形势遂发生三方面的重大改变：一是由海都扶持的察合台后王都哇，在海都死后乘机坐大。两汗国之间势力对比开始逆转。二是两汗国改变与元对立的立场，以元朝承认他们在西北地区的既得权益及其政权的合法性为条件，与元朝约和。1304年，约和实现。三方共同向伊利汗朝诏告和平。这个消息，还通过伊利汗国传播到欧洲基督教世界。其三，元朝畏忌海都余威，趁察合台后王与窝阔台后王不睦，帮助察合台汗国削弱窝阔台汗国。1300年末，窝阔台系诸王曾掀起过一阵短暂的复兴活动，仍遭失败。不久，窝阔台汗国灭亡。
1310年前期，察合台汗国与元朝通使。但是不久以后，两家为瓜分交界地区的窝阔台牧地发生争执。西北战火重燃。这时伊利汗朝也采取行动，将渡阿姆河南侵的察合台军队逐回河中，由此形成东西夹击察合台汗国的形势。察合台大军再侵伊利汗境，后来在东线元军的军事压力下退兵。元朝乘这次攻势，曾将其军事布防线重新推进到畏兀儿地区，但为时不长，又复退回。
1331年，都哇之子答儿麻失里即位为察合台汗。这位有一个梵文名字的汗却放弃佛教信仰，皈依了伊斯兰教。从1330到1340年，察合台后王权威下衰，汗国逐渐形成分裂局面，中亚蒙古人也在这个过程中加快了融合进当地突厥语主体居民之中的节奏。
第七章
元朝对西藏的管理“于是帝师之命与诏敕并行于西土。”
——《元史·释老传》
前四汗时期的藏地藏族称呼自己为bod，称藏地为bodvul，即“bod人之域”。蒙古人把他们叫做tbed，元代汉语音译为“土波”。藏人和藏地被称为tbed，应当不自蒙古始。唐代汉人用来指称他们的“吐蕃”一词，很可能就来自一个类似ted的称谓。这个名称最初是如何形成的，我们今天不大清楚。“吐蕃”一名在元明仍沿用不衰。
根据西藏的传说，梵文经典流入藏地，最早约在5世纪。不过当时藏地还没有人能看得懂它们，所以人们只好把它们秘密收藏起来。7世纪时，著名的吐蕃王国赞普松赞干布（？～650）分别从唐朝和泥婆罗（今译尼泊尔）迎娶信奉佛教的公主为王妃。两位公主都把佛像、法物等带进吐蕃；这时，从汉地和印度也都有一些僧侣，循穿越藏地的中国与南亚的交通路游历吐蕃。佛教在吐蕃真正获得“弘通”，是在松赞干布的五世孙赤松德赞在位（755-797）时期。9世纪前叶赤祖德赞在位时，佛教势力在政府扶持下急剧扩大。赤祖德赞甚至把两条丝带系于头发，让垂下的丝带铺在赞普王座两旁的僧人的座席上，再命僧人坐在上面，称为“头顶两部僧伽”。赤祖德赞用残酷的刑罚肆意处置对佛教稍有不满的人，引起举国反对。841年，赤祖德赞被反佛大臣暗杀，兄朗达玛继为赞普。843年朗达玛下令灭佛，在吐蕃各地关闭佛寺，掩埋或沉没佛像，焚毁佛经，勒令僧侣还俗。藏地佛教的“前弘期”就此结束。846年，朗达玛被刺，统一的吐蕃王国瓦解，藏地出现小王林立、内乱不已的局面。
仲敦巴佛教在藏地遭到取缔时，部分僧侣逃出劫难，隐避到吐蕃政权势力较弱的藏地东、西部。今青藏高原东北的湟水流域逐渐成为佛教传承的中心。藏地西部的纳里（今译阿里）地区，是西藏佛教复兴的另一个基地。920年代，从藏地中部遴选的10人东赴宗哥（tsong-kha的汉语译音，藏语称湟水为tsong，河滨为kha，tsong-kha译言湟水之滨）学习教法。以后回藏复兴佛教。这件事被看作西藏佛法“后弘期”的开始。差不多与此同时，纳里地区的吐蕃小王不断用重金聘请印度、尼婆罗等地的高僧前来译经阐教，又派人西行求法。东来的高僧以印度班智达大德阿底峡最为著名；西去求法的纳里僧人中，最有名的是三至迦湿弥罗（今译克什米尔）的译师仁钦桑波（958-1055）。10世纪末叶，尤其是进入11世纪后，佛寺在全藏各地又普遍地兴建起来。由于所传教法不同，这些寺院根据各自的传授系统分别归属于以一个或几个大寺院为据点的教派。
寺院势力最初是在世俗小王的支持和保护下重萌生机的。但当他们积累起足够的经济力量和宗教影响后，他们也起而参与地方的政治活动，于是形成很多以大寺院为中心的神权政治的势力。教团领袖开始时是由寺院僧众推举的，后来经常变成世袭职位。较大的世俗宗族往往会以叔侄相继的传承方式世代把持某个大寺院住持的座席。世俗贵族与僧侣集团之间就这样结成一种很特殊的“赐主—福田”关系。较小的世俗贵族甚至还要反过来寻求教团的保护。在十一二世纪，藏地存在着以下这些势力很大的教派集团：噶当派（bkah-gdams-pa），由阿底峡的弟子仲敦巴（1005～1064）所传。它在前藏拥有很大的势力。著名的热振寺就属于此派。吐蕃赞普后裔雅垄王族成员曾长期据有噶当派主寺的住持职位。
萨斯迦派（sa@skya-pa）的根据地在后藏的萨斯迦（今译萨迦）。萨斯迦大寺的历任住持多出于款氏家族。这个教派在元代藏地政治中具有非常特殊的影响力。
帕木古鲁派（phag-mo-gru-pa，今译帕木竹巴），因其祖寺建于帕木古鲁之地（在今前藏泽当东北）而得名。该寺住持由郎氏家族世代把持。帕木古鲁派有若干分支，如必里公派（hbri-gung-pa，今译“止贡”派），思答笼派（stag-lung-pa），牙不藏派（gya-bzang-pa）等。
搽里八派（mtshal-pa），此派创立较晚，后来其主寺的住持席位为资助建寺的噶尔氏家族所控制。
葛哩麻巴派（karma-pa），祖寺在葛哩麻谷（今西藏昌都西北），后来又建一新的主寺于堆隆（在今西藏拉萨西北）。它是藏传佛教中最早实行活佛转世制度的教派。葛哩麻巴派“黑帽”系的第二世转世活佛葛里麻拔噶希（karmapakshi，1206-1283，藏语pakshi译言“大师”，或当源于汉语“博士”），是西藏佛教史上最著名的有神奇法术的僧人之一。
噶举派（bkah-brgyud-pa），其祖师玛尔巴多次入印度学习密宗教法，注重口耳相传的传习形式，故以“噶举”（藏语bkah-brgyud译言“口传”）为教派名。这种传习法当然最容易因不同的师承而分衍支派。帕木古鲁、搽里巴、葛哩麻巴等教派都是从噶举派分离出来的。
宁玛派（rnying-ma-pa），这一派宣称自己所传是吐蕃王国时期的教法，由8世纪时入藏的印度高僧莲花生所授，故名（藏语rnying-ma译言古旧）。宁玛派法服为红色，所以后来俗称红帽派、红教。
唐王朝和吐蕃王朝解体以后，汉族继续用“吐蕃”称呼他们的西邻。但是五代和宋朝人所说的“吐蕃”，经常是指今甘青河湟一带的某些部落或部族。其中有一些是藏人，也有一些是过去臣属于吐蕃王朝，由于吐蕃统一政权的衰亡而得以自立的小股部众。吐蕃把他们称作od-bar，汉语文献音译为“咀末”。1030年，这里形成一个以藏族为主体的瘾厮哕政权，一度在西夏、余王朝以及自蒙古高原西迁后的回鹘（即元代的畏兀儿）之间的长期斗争中扮演过不可忽视的角色。12世纪初，由于宋军的进攻，它被迫降夏，以后这个地区又被金军占领，但在十二至十三世纪的汉、藏关系中它已失却过去曾有过的那种重要性。
藏文史料说，西藏僧人最早进入蒙古地区，大概是在1209或1210年之间。那是搽里八派的藏巴东廓哇和他带领的六个弟子到蒙古弘扬佛教。因为不通蒙语，他们只能以手势传法，结果可能不太理想，所以他们从蒙古转道前往西夏。据说成吉思汗进兵西夏时，藏巴曾去向他说法，并获得一道保护僧人的谕旨。
在最初二十多年兵侵漠南的军事行动中，蒙古军队有好几次掠地至藏区边缘的今甘青、川北一带。在哲别统率的西征偏师中有“吐蕃帅”，他的部众应当就是在蒙藏早期接触中被蒙古收编的藏兵。
蒙古正式经略藏地始于1230年。分镇凉州（治今甘肃武威）的窝阔台次子阔端曾在1236年派兵降服甘南的几个藏人部落。1240年，他又派遣一小支军队，在朵斡耳答答剌罕率领下，深入吐蕃本部。蒙古军进至前藏的热振寺和杰拉康寺（两寺均属噶当派）。据藏文史料，蒙古军“给热振寺造成重大损害。思答笼寺被雾罩住，没有看见。杰拉康寺被焚毁，索敦等五百名出家僧人被杀。必里公寺的住持扎巴迥乃降下石雨，故必里公寺未遭损害。但是蒙古人要住持去当应供喇嘛（即把住持带回去接受蒙古人的供奉）。扎巴迥乃说：‘有个适合当你的应供喇嘛的人，住在西面’”。扎巴迥乃所指的，就是后藏萨斯迦派的法王萨斯迦班智达公哥监藏（1182-1251）。在当时的藏地中部，噶当派的寺院最大，必里公派住持的威望最高。但他们和前藏的其他法王们都对于面觐阔端心存畏忌，于是把今后100年间在藏域承制宣化的机会，拱手让给了萨斯迦派法王。
萨斯迦班智达果然接到了阔端召见的令旨。在由他编纂和创作的《萨斯迦格言》里，他曾经写道：“弱小者如把伟人依靠，乃是获得成功的诀窍。”“请看由于攀附于大树，藤蔓也到树尖高处。”他决定带着不满10岁的侄子八思巴（1235-1280）和八思巴之弟恰纳朵儿只（1239～1267）去应召。1246年夏天，他到达阔端在凉州的大营。这一年他65岁。
萨斯迦班智达叔侄抵达凉州的时候，阔端正在漠北参加贵由汗的即位大会。他们的相见，要到第二年春天阔端回到凉州大营以后。他当然不是被邀请到这里来做端坐莲台的“应供喇嘛”的。他的真正角色，乃是代表藏域各教团来同蒙古统帅商谈向蒙古归顺的事宜。对这次谈判的结果，萨斯迦班智达在写给藏地僧俗领袖的一封信里，向他们作出详细的介绍。他转达阔端的保证说，只要藏域不进行武装抵抗而全面归附，“则汝等地方各处民众部落原有之官员仍可加委供职”。归附各部应将头目姓名、百姓数目、贡赋数额造册缮录，一份呈递阔端，一份存于萨斯迦，一份由当地头目留存。阔端还把金银牌符颁赐给萨斯迦派的首脑们，授予他们管领藏地众官员的权力。萨斯迦班智达警告他的同胞说，如果企图设法逃脱蒙古的统治，或指望蒙古因路远而不会前去镇压，或期待与之交战而胜之，或以欺骗办法对待蒙古，则“最终必遭毁灭”。关于向蒙古的贡赋，他在信的最后写道，乃以金、银、象牙、大粒珍珠、银珠、藏红花、木香、牛黄、虎皮、豹皮、草豹皮、水獭皮、蕃呢、藏地中部之毛织品等物为佳。“此间对一般财物颇不屑顾，故各地可以本地最好之方物进献”。
由于萨斯迦班智达的斡旋，再加上1250年初由蒙哥和阔端分别派出的两支军队对未服地区的军事进攻，迫使藏地很快接受了蒙古的统治。1251年末，萨斯迦班智达在凉州入寂。他的年轻的侄子八思巴似乎接替了萨斯迦班智达原先的角色。他在1252年为报告叔父去世而致藏地僧团领袖的信里，传达新近即位的蒙哥汗的谕旨说：“皇帝并宣谕于我：‘已派金字使臣（指佩带用以乘驿的金字牌符的蒙古使臣）去吐蕃各处清查户口、划分地界。汝可遣僧人同往。’”
这次清查户口，并不局限于吐蕃一地，而是在从汉地直到斡罗思的广阔地面上统一施行的一次大规模行动。吐蕃括户以后，藏地人户在蒙哥、忽必烈、旭烈兀和阿里不哥四兄弟等黄金家族成员之间进行分配，各人还分别与被分配在自己位下的人户所在地最有势力的那些教派结成了“赐主—福田”的关系。蒙哥供奉的是必里公派和藏古儿木哇派（gtsangmgur-mo-ba），忽必烈和阿里不哥分别供奉搽里八派和思答笼派，旭烈兀供奉帕木古鲁的牙不藏派和宁玛派，阔端则仍然供奉萨斯迦派。
萨斯迦派在这次分配中被安排在一个颇为不利的地位上。蒙古大汗的汗位已经从窝阔台系转到拖雷系手中。但萨斯迦派所得以结纳的，却是显然已经失势的窝阔台系诸王。萨斯迦班智达已经不在人世，现在要由年轻的八思巴来承担扭转上述不利局势的重任了。八思巴与元代政治虽然古代蒙古人信仰的是崇拜“腾格理”（天）的萨满教，多神崇拜的倾向却使他们很容易对各种宗教的高僧大德提起注意。忽必烈早在1240年就曾将汉地的名僧海云禅师召赴漠北问对。听说萨斯迦班智班已在凉州，他就派人到阔端处，要求阔端把大师护送到蒙古草原与他见面。使者驰至凉州时，萨斯迦班智达已经死去。阔端回复忽必烈说：“大师已经圆寂。他有一个侄子叫八思巴，意思是‘圣寿’。年纪只有十几岁，却精通佛法。请允许我送他前来复命。”不过八思巴不用再像海云那样长途跋涉远去岭北了。1252年秋，忽必烈奉皇兄蒙哥之命领兵南下，进征大理。1253年初夏他驻牧于“凉陇羌浑之交”的六盘山。在这里，八思巴第一次见到忽必烈。
忽必烈忽必烈似乎对见不到萨斯迦班智达仍有点遗憾。他问八思巴：“你的佛法，与令叔相比怎么样？”八思巴回答：“叔父的佛法浩如大海之水。我所掌握的，不过像用手指探海，点水于舌而已。”随行军中的忽必烈王妃察必先请八思巴传授金刚灌顶，就是请八思巴施行以水灌洒头顶的密宗仪式，表示由八思巴引进佛门，从此可以把喜金刚作为最根本的尊崇对象来修行。随后，忽必烈也要求接受灌顶。但是由八思巴传授灌顶就是以八思巴为师。从此“上师”就要坐于弟子的上座。这使忽必烈十分为难。经由察必调解，双方约定：今后八思巴讲论佛法或人少时，可以坐在上座；吐蕃之事先征求八思巴意见再下令旨；忽必烈处理俗界政务的正式场合则坐上座，八思巴不得对他徇情干预。
忽必烈即将从事的南征要经过藏地东部边缘。大概忽必烈曾与八思巴商讨蒙古军道经吐蕃时向藏人征发钱粮人力的问题。八思巴力图劝说忽必烈豁免藏地助军的义务，当然使忽必烈感到不大中意。所以这次会面时间似乎不长。八思巴“旬日即乞西还”，回到“凉州王宫之佛殿”。
1254年初，蒙古军攻灭大理国。忽必烈分军留滇经略未服诸部，自己取原路班师，于当年夏天再次驻牧于六盘山。这时八思巴已从凉州动身，正在赶回萨斯迦的途中，听说忽必烈北还的消息，八思巴中途折返，“驰驿径往王府”。他受到忽必烈的热情接待，获得忽必烈颁赐的藏文令旨。根据藏学家陈庆英的汉语译文，令旨说，这位蒙古宗王已从“上师”八思巴处获得信仰，接受灌顶，乃以教法和僧伽的施主自任，“故此特赐给上师八思巴此项褒护藏地方三宝之所依处及僧伽不受侵害之诏书”，并在过去赏赐之外，加赐白银56大锭、茶叶200包、锦缎110匹。作为一个宗王，忽必烈不能给予八思巴什么实际权力，所以只在这份令旨中重申保护藏地佛教和寺院的诺言而已。但对八思巴来说，重要的是，在阔端对西藏的决定性影响消失之后，萨斯迦派的新法王终于及时地找到了自己的新“施主”。他显然极其看重这一点。从1255年直到1280年去世，八思巴几乎每逢旧历新年都要给忽必烈写吉祥祝辞。他在1255年的新年祝辞中这样写道：“祈愿你这权势如大海、如须弥山、如日月珍宝之神中神健康长寿，所愿俱得成就！……你出身家族洁净高贵，财富受用等同如意宝树，祈愿你在尊胜众神所依止之须弥山胜于各方！……祈愿你像太阳照临各方！……为皇子胜于各方之故，持守清净戒律、智慧无畏之说法僧八思巴撰此祝辞。”佛教的“清净戒律”并不禁止高僧大德使用最华丽铺张的辞藻，为被他们认为是“真命有归”的统治者招徕吉祥与佛的护佑。
这时，在藏地佛教界以神奇的法力闻名的葛里麻拔噶希也应邀来到忽必烈在汉地的大营。忽必烈显然被葛里麻拔噶希的法术所倾服。出自萨斯迦派的藏文史料说，八思巴在他的忠实信奉者察必王妃提示下，用刀截四肢而不受伤来证明自己受“五部佛护佑”的功德。噶举派的文献则说，葛里麻拔噶希拒绝了忽必烈要他留侍左右的请求，不辞而别，后来又在漠北受宠于蒙哥。所以当他中统年间来到汉地时，被忽必烈拘捕并流放海边。无论如何，随着蒙哥汗去世、旭烈兀远走西域、阿里不哥兵败投降，忽必烈庇护下的萨斯迦派取得了在元代藏传佛教各派中定于一尊的地位。
中统元年（1260）十二月，八思巴被新即位的忽必烈封为国师，“授以玉印，统释教”。这时，忽必烈在全力应付与阿里不哥战争的同时，已开始为系统地建立元朝对藏地的行政统治做准备。中统三年初，他派遣专使持金字牌符入藏，向各寺院布施，实际意图是探视藏地的局势。八思巴为此专门写了一封信给藏地佛教各派的领袖，要他们慎重接待朝廷特使。在他的信里，八思巴再次强调，他以国师身份留住汉地，不是为了萨斯迦一派的利益，而是为了“整个佛法及所有众人之事”。
争位之战结束以后，忽必烈正式着手进一步治理藏地。至元初，在藏地最东北的边区（今甘青地区）设立“吐蕃宣慰司”。元军在这里“随地厄塞设屯”，用“恩威并著”的手段“镇抚”藏人各部。对今川北藏区，元廷也置司“招谕”、“镇抚”。与此同时，八思巴兄弟被派回吐蕃本部，去整治藏地政教事务。
1264年，他们从大都启程返回萨斯迦。八思巴的弟弟恰纳多儿只娶阔端的女儿为妻，于是以黄金家族“古儿干”（蒙语，译言女婿，亦可用于专指成吉思汗家族的“驸马”）的身份受封为白兰王。大概用以象征蒙古统治藏地的世俗权力。这一年又新建立“总制院”，掌管佛教和吐蕃之境，由国师统领。所以，八思巴此行是以统领总制院的国师和萨斯迦法王的地位，代表朝廷号令藏地佛教各派。临行前，忽必烈颁赐了一份诏书给八思巴，让他传谕各地。诏书“绣以白绒，网以真珠”，所以称为“珍珠诏书”。诏文宣称，忽必烈“已从明白无误之上师八思巴处接受灌顶，封彼为国师，任命彼为所有僧众之统领。……僧人们不可违了上师之法旨”。由此可见，两兄弟中，真正具有元廷在藏地代言人地位的乃是八思巴，而不是白兰王。
回到萨斯迦以后，八思巴按照护卫蒙古大汗和诸王的怯薛组织的形式，改造了萨斯迦法王的侍从机构。在这个称为“剌让（bla-brang）”的机构里，除了“内大相”的官号大概源于古代吐蕃王朝的“内大相”一词外，其余职官名称的构成，差不多全是模仿怯薛的各种执事官名称，其中包括：索本，负责法王饮食的官员；森本，管理卧室、卧具和服装的官员；却本，负责供奉仪式的官员；皆本，接待来人的官员；仲本，管理文书、档案的官员；佐本，管理财务的官员；真本，负责引见的官员；迦本，管理驮畜、运输的官员；达本，管理坐骑的官员；作本，管理牦牛、奶牛的官员；其本，管理狗的官员，等等。八思巴还利用自己掌握的经济和政治资源，在西藏各重要的地方修建萨斯迦派的寺院。萨斯迦派的势力在前、后藏乃至甘青、川北地区都获得很大的扩展。
1267年，恰纳朵儿只在萨斯迦病死。八思巴在处理完丧事后离开藏地重返大都。这一年，在忽必烈和阿里不哥之争中曾经站在阿里不哥一方，因而与元政府和萨斯迦派结下怨恨的必里公派起而反抗。元军再次深入吐蕃本部镇压叛众。史料没有提到八思巴在藏地的活动与此次必里公之乱是否发生过直接关系。
恰纳朵儿只之死和必里公之乱的平息，对13世纪吐蕃本部的政治史发生了很重要的影响。白兰王本来是元王朝建立在藏地的地方政权的象征（八思巴相当于中央政府的佛教领袖和主管吐蕃之境的负责官员）。白兰王死后，元廷遂设立“乌思藏三路军民万户府”作为统治吐蕃本部的地方权力机构，后来改名为“乌思藏宣慰司”。它的长官经八思巴推荐，由朝廷任命，授予水晶官印。首任长官是正在萨斯迦法王府中代理主持政教事务的释迦藏卜。在这前后，元廷又乘平定必里公之乱的余威，在吐蕃本部调查户口。这次括户分两组进行。一组从藏地西部开始调查，逐渐往东进入后藏之地，由阿衮和弥陵负责实施；另一组则从后藏向前藏推进，由司徒阿昔吉实施。新上任的乌思藏宣慰司长官释迦藏卜也积极参与了这一次括户。吐蕃本部著名的“十三万户”，大概就是在这次括户的基础上确定的。
至元五六年（1268～1269）之交，八思巴回到大都。蒙古王公和朝臣、市民到大都郊外远迎。八思巴在“香华幢盖、天乐仙音”的簇拥下，经过结扎着彩带的街道，进入宫中。一路上“万众瞻礼，若一佛出世”。
回京师后不久，八思巴就把他根据藏文字母创制的一种方形直书的字母体系呈献元廷。用这套字母，既可拼写蒙语、藏语，也可以拼写汉语。它于1270年被元朝指定为书写蒙古语的法定字母体系，叫做“蒙古新字”，现在学术界通称它为“八思巴字母”。元朝有很多官方汉语文书，也使用八思巴字母来拼写。在一个多语种环境中，用一种通用的字母体系来拼写各种文字，这个设想似颇有可取之处。但八思巴字母除拼写藏文较贴切易通外，用以拼写多音节的蒙语词汇，就必须把本来应当连书的字母一个音节、一个音节地切开，给认读带来很大的困难。汉文本不是拼音文字，改用八思巴字母来拼写汉语，认读方面的障碍也很大。例如元武宗时发行的铜币“大元通宝”，钱面上铸有八思巴字母拼写的汉文，作tayytienthungbaw。用ytien来拼写“元”，用thung来拼写“通”，这样的“谐声”一般人也很难掌握。所以虽经政府强行推广，这种字母还是无法真正被社会接受。元朝灭亡后，八思巴字母在任何一种书面语中都未被继续行用。
至元七年（1270），元廷颁行八思巴字母后，即把八思巴的身份从国师升号为帝师，颁赐比诸王所用金印品位更高的玉印，大朝会时得坐在皇帝之侧傲视群臣。他的封号很长，叫“皇天之下，一人之上（这句话的意思是，整个天下只有一人在他之上），开教宣文，辅治大圣，至德普觉，真知佑国，如意大宝法王，西天佛子，大元帝师”。藏文史料说，在被加封为帝师时，八思巴第二次为忽必烈传授金刚乘灌顶，并因此领受“吐蕃三区”作为供养。藏文“吐蕃三区”，直译当做“bod地的三个chol-kha”。这里的chol-kha是蒙文chlge的音译。蒙古人既接受金、宋政权把“路”作为较大的施政区划的观念，用chlge意译“路”；又用这同一个蒙语辞汇来翻译大于路的辖区“道”。这里用chlge来称呼的藏地的三大部分，即位于它东北的甘青地区、东部的昌都和川北地区，以及吐蕃本部，意思是藏域三“道”。用吐蕃三区供养八思巴的意思应当是说，现在八思巴不再仅仅以一个统领总制院的“僧官”和萨斯迦一个教派的法王身份去号令藏地佛教各派，而是利用元政权的力量取得了全藏佛教领袖的地位。八思巴到达了他一生中权力的顶峰。
这时，经他提携而进入总制院任职的一个甘青藏人桑哥，替他在宫内造了一座豪华的佛堂。为此，桑哥受御史台弹劾而下狱。八思巴很不高兴。适逢忽必烈邀请他参加一次与佛教有关的庆典，八思巴回答说：“在藏地，儿子入狱，父亲即使行走在小巷里也觉得羞愧。我的桑哥为向我学法造了一座小屋，竟被台臣据以治罪，把他关进监狱。所以我不能出席。”忽必烈于是命令释放桑哥。1270年末，曾任乌思藏宣慰司长官的功嘉藏卜与回到萨斯迦的八思巴发生冲突。元朝派军入藏弹压，统帅这支军队的正是重入总制院并且做了院使的桑哥。桑哥攻杀功嘉藏卜，在吐蕃本部留下一些蒙古驻军，并且改革了藏北高原上的驿站体系。他在汉文史籍中是一个臭名昭著的以敛财固宠的“奸臣”。但在藏文史书中，却是一个“有作为的善良大臣”。可见完全根据单方面的记载去评判一个历史人物是很不保险的。据说，忽必烈在下决心处死桑哥时，还向他询问有谁可以继任他的职位。
1271年夏天，八思巴离开大都前往临洮（在今甘肃）。1274年，他又从临洮继续往西，回到萨斯迦。大元帝师之职，由他的异母弟亦邻真继任。1280年末，即“功嘉藏卜之乱”为桑哥镇压后不久，八思巴在萨斯迦死去，当时他46岁。元代的吐蕃三区元朝统治藏地的中央机构，最初是由国师统领的总制院。至元七年（1270）后，总制院由帝师统领。至元二十五年（1288），由总制院使桑哥提议，改总制院为宣政院。新的院名取法于唐制。因为唐朝皇帝经常在宣政殿接见吐蕃王国的国使。宣政院品级为从一品。也就是说，该机构中最高级的职官（宣政院使）的品衔为从一品。其职权统摄军民；其人选僧俗并用。院使之上，还有一个没有品级的帝师。宣政院任命属官，具有与御史台、枢密院等同样的特权，不须经由中书省申报，可以直接向皇帝“闻奏”。当然，帝师的推荐对官员人选有十分重要的影响。
古代山水画元朝一代的帝师，现在可以考见的有十三四个人，其中七人出于萨斯迦的款氏，四人是八思巴的门徒，多在款氏没有合适的男性后裔时才被选出来就任此职。说款氏基本上把持了元代帝师一职，此话并不过分。帝师的法旨与元朝皇帝的诏旨“并行于西土”。著名元史专家陈得芝依元代特别的公牍文体翻译帝师法旨的一般格式为：“皇帝圣旨里，帝师某人（此为帝师名）法旨。藏、乌思宣慰司官员每根底，军官每、军人每、镇守的每、法官每、征敛赋税的每根底，来往（使臣）每、万户每根底……僧、俗人等每根底教谕的我的法旨：……（以下为法旨具体内容）。”法旨开头第一句“皇帝圣旨里”的“……里”一语，是公牍文体中的专用词，用来翻译蒙文的后缀-ghar或-ger，意即“根据……”帝师的法旨，是根据“皇帝圣旨”所赋予的权力来具体地发号施令的，法旨虽说与诏敕“并行”，却没有改变藏地是统属于中央政府的一个辖区的性质。
与元朝的其他辖地一样，吐蕃也有蒙古宗王出镇。封在这里的宗王是忽必烈的第七个儿子奥鲁赤，王号为“西平王”。奥鲁赤死后，西平王之位由次子八的麻的加继承，但镇守吐蕃的使命改由他的长子镇西武靖王铁木儿不花担任。铁木儿不花的长子老的封云南王，次子搠思班袭镇西武靖王位，仍分镇藏地。明初归降的镇守吐蕃宗王卜纳剌所袭仍是镇西武靖王之位。他应当是铁木儿不花的后人。镇西武靖王的大营，可能位于藏地东北的甘青一带。
驻吐蕃的最高地方政权机构，是分别设立在“吐蕃区”的三个宣慰使司都元帅府。
元代中国最高的地方行政机构是行中书省，简称行省。行省以下的行政区划，是路、府州、县。在距离行省中心较远的地区，又分道设立宣慰司，协调旁近路府的军、民之务；治民之事听命于行省，治兵之事听命于枢密院。边疆民族地区的宣慰司机构，因为军事的功能较强，往往称宣慰使司都元帅府。长官仍为宣慰使，无都元帅的职衔，但经常用军人任职。
因为吐蕃在元朝直属宣政院管辖，性质类似中书省直接管辖的今山东、山西、河北等地区，所以不设立行省机构。其他行省之下都有称作“路”的行政机构，管若干路的宣慰使司划区多称为“道”。吐蕃基本上没有路的行政建制。但其中两个宣慰使司都元帅府名义上也被看做是属于路的建置，分别叫“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”、“乌思藏纳里速古鲁等三路宣慰使司都元帅府”。还有一个则名为“吐蕃等处宣慰使司都元帅府”，与上述第一个机构的全名只有一字之差。它们是统治“吐蕃三区”（或“吐蕃三道”）的最高地方机构。
在以上三个宣慰使司都元帅府中间，吐蕃等处宣慰使司都元帅府大约成立于至元初年（1264）。乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的前身“乌思藏路军民万户府”成立于至元四年或五年（1267或1268），约在1280年代乃有定名。吐蕃等路宣慰使司都元帅府成立最晚。至元二十年前后，它的名称是吐蕃招讨司，以后改为安抚司，成宗期间改为宣抚司，很可能直到元英宗或泰定帝时才最后定名。
吐蕃三道的划分，完全是在藏地传统的政治—地理结构的基础上形成的。藏人称青海为“朵（mdo），以今青海东部为“朵思麻”（mdo-smad），意思是“下朵”。吐蕃等处宣慰使司都元帅府辖地主要为朵思麻（西宁州除外）以及今甘肃西周部分地区，所以它简称朵思麻宣慰司。其治所在河州（今甘肃临夏）。下辖朵思麻路、河州路、洮州元帅府（在今甘肃临洮）、积石州元帅府（在今青海循化）、贵德州（在今青海）、礼店文州元帅府（治礼店，在今甘肃礼县）、松潘迭宕威茂州宣抚司（在今甘南川北）等地面。
吐蕃等路宣慰使司都元帅府的辖境，主要是朵甘思（mdo-khams）之地，即今川西理塘、甘孜等地区，所以简称朵甘思宣慰司。khams今译“康”，就是“西康”、“甘孜”等地名的来源。其下辖机构有朵甘思都元帅府，碉门（在今四川天全）、鱼通（在今四川康定）等处安抚使司，朵甘思、哈答（在今四川泰宁）、李唐（今四川理塘）、鱼通等处钱粮总管府：还有刺马儿刚招讨司，奔不招讨司，奔不儿亦思刚，亦思马儿甘万户府等。“刚”、“甘”都是藏语sgang音译，意即山岗。吐蕃古史有“朵甘思六岗”，剌马儿刚等地或即六岗地面之所在。
乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府，所辖为吐蕃本部的前、后藏和阿里地区，简称乌思藏宣慰司。乌思即藏语dbus的音译，指前藏；藏即gtsang的音译，指后藏；纳里速古鲁孙藏文作mngah-risskor-gsum，意即“阿里三围”，大概是一个很古老的地名，原指朗达玛系三王子在今西藏西部阿里地区建立的三个小王国。当时前藏的首府是拉萨，后藏的首府则是萨斯迦。
吐蕃本部的僧俗居民，约在1260年末完成括户之后被编为十三个万户。以后地方上的户口迭有变动，万户的设置也必然有增减调整。但“十三万户”却成了表示藏地居民的固定名词。汉文和藏文文献提到的乌思藏万户的数目要多于十三个，它们中间有：“沙鲁田地里管民万户”，在今日喀则南的霞炉地方；“出密万户”，在今日喀则西南曲弥；“加麻瓦万户”和“札由瓦万户”，分别在今墨竹工卡西南的甲马和隆子东南的加玉；“拉兑洛万户”和“拉兑绛万户”，分别在“拉兑”（lja-stod，即后藏西部）的南（lho）、北（byang）地区，即今定日、昂仁；“羊出万户”，在前后藏之间今羊卓雍湖一带。
又有“搽里八田地里管民万户”，即设立在搽里八派控制地区的万户；“迷儿军万户府”，即元代几次武装反抗朝廷的必里公教派所在地区万户；“思答笼剌万户”，“伯木古鲁万户”，“牙里不藏思八万户”，“绛出万户”（在今日喀则东北香曲河流域），则分别是置于思答笼派、伯木古鲁派、牙不藏派、香巴噶举派势力范围内的万户；“乌思藏田地里管民万户”，可能是由萨斯迦法王直属地区内的僧俗人口组成的。
此外还有一些万户情况不详，如“嗸笼答刺万户”。
上述这些万户大体可以归为两大类。一类是设置在各教派势力所在地区的万户组织，万户长的职位往往控制在各教派法王所从出的那些家族手里。另一类万户中不存在一个占绝对优势的政教合一的权力，因此在性质上也更接近于地域性的行政组织。
现在可以知道的万户，几乎全都分布在乌思、藏即前、后藏地区，“纳里三围”即阿里地区与乌思藏同时被元政府括户，似乎也应当有万户或者千户的建制。详细情况还有待进一步的研究。
十三万户所统辖的藏地民户，分为两大类。一类是寺属民户，另一类是一般民户，藏语分别称为拉德（lha-sde）和米德（mi-sde）。据藏文史籍，元代在藏地设置万户时，以六千户为拉德，四千户为米德。这就是说，当时人口的十分之六隶属于寺院，向其所属寺院负担封建义务；总人口的十分之四是一般民户，要承当政府摊派的各种赋役。拉德和米德中的绝大多数直接生产者，都是寺院或者世俗领主的世袭农奴。前后藏所设万户的一般民户总数在34000户左右，按它占总户数4／10的比例推算，则元代乌思藏地区的民户总数，至少应当在八九万之间。
从行政体制上看，乌思藏宣慰司与朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司是平级并行的行政建制。但因为乌思藏宣慰司所管地面是吐蕃本部，宣慰司最高长官一职在元前期和中叶又长期在帝师萨斯迦法王所自出的款氏家族控制下，所以这一道宣慰司的地位看起来就好像有一点特殊。
藏文史籍明确地载录了首任乌思藏三路军民万户释迦藏卜的这个职衔，“三路军民万户”采用的是对汉字逐个音译的形式，作zam-klu-gun-mindben-hu。这个机构后来改称宣慰司，藏文同样采取音译，写作swon-we-se（“宣慰司”）。与此同时，从释迦藏卜开始，藏文史料又相当完整地记录了统治吐蕃本部的历任长官，他们都有“本禅”（dpon-chen，dpon译言“官人”，chen即“大”。这个词也被译作“本钦”）的官号。它的意思即“大官人”。本禅的官名未见于元以前的吐蕃当地官制中。它既然始于元代，就很像是蒙语“也客那颜”（“大官人”）的对译词，用来指称中央政府所属各官僚机构中为首的长官，如宣政院（藏文译写作son-bying-dben）的院使，藏文就写作rtsa-bahidpon-chen；以至治理吐蕃的内地中央王朝本身，也可以被叫做“本巴”（dpon-pa，即“官家”或“官人”）。本禅和本巴的官号或者特指名称，表明了从元朝开始内地中央政府在藏域所享有的政治权威。
那么，此种受中央政府任命统治藏地的历任本禅，与乌思藏宣慰司乃至其他两道宣慰司，究竟是什么样的关系呢？对这个问题，目前存在两种不同的看法。一种看法认为，本禅就是对乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的长官，即五名宣慰使中为首的那名宣慰使的别称。很可能蒙古人把这个为首的宣慰使径称为该机构的“大官人”，经藏语移译，遂有本禅之名。所以本禅政权也就是乌思藏宣慰司。另一种看法，则以为元代西藏存在着一个高于二三道宣慰司的本禅政府，它才是藏地最高的地方政权。从目前的研究来看，前一种意见似乎更稳妥。
乌思藏宣慰司的首席宣慰使之职，长期为萨斯迦教派的座主款氏家族所垄断，所以它被称为“萨斯迦本禅”。萨斯迦法王与萨斯迦本禅互为奥援，形成藏地中部势力最大的一个政教权力中心。但是它在吐蕃之境并非没有挑战者。元朝前期，它的对手主要是必里公派。萨斯迦在朝廷支持下击败了必里公派。元朝后期，帕木竹巴的势力日盛，终于压倒萨斯迦，成为前后藏各教派事实上的盟主。
1280年的必里公之乱始于他们攻毁一个对立教派寺院的行动（1285）。据说他们取得了与“西蒙古”的诸王的联盟。这个西蒙古诸王当然不可能是这时已在西亚立国的旭烈兀系，而大概是察合台系的诸王都哇。在他们的支持下，必里公与萨斯迦的冲突逐渐尖锐，乌思藏驿道因此堵塞。1290年，藏地的混乱局面迫使元廷命镇西武靖王铁木儿不花率部进征，与萨斯迦本禅阿格伦朵儿只班合攻必里公和“西蒙古”诸王亦邻真的联军。必里公军大败，贡巴（必里公派行政和军事长官）和亦邻真被擒，教派主寺被焚毁。
除必里公以外，前藏较强大的教派还有帕木古鲁和搽里八。1320年，自赏竹监藏（又译绛求坚赞）就任帕木竹巴万户的长官后，该教派的势力迅速上升，于是成为前藏各教派反抗萨斯迦肆行威福的中坚。1329年，袭封白兰王的八思巴侄孙琐南藏卜巡行前藏，一直住到1333年仍不离去。前藏诸教派首领会商对策，想要求白兰王移驻别地。搽里八首领说：“我的地方处于关隘要地。担当不起，不敢禀告。”必里公法王因与萨斯迦早有仇隙，也不敢首先陈述，所以对赏竹监藏说：“您是萨斯迦的大弟子，您说为宜。”结果是赏竹监藏在白兰王面前首先发难。他愤懑难抑地对白兰王说：“先前承侍了四年，您尚不满足。现在前藏人已山穷水尽，无能为力了。若还不知足，我们前藏所有首领就都充任白兰王您本人的侍从……我们全体的人马都来服侍你。”这样才把白兰王强行送走。与此同时，帕木竹巴和搽里八、牙不藏、必里公各派间也因抢夺地面不断发生摩擦、争执，甚至战争。
错综复杂的利益冲突，导致萨斯迦本禅利用帕木竹巴和搽里八、牙不藏之间的矛盾，下令传讯赏竹监藏。后者抗命不从，终被本禅撤职拘禁。赏竹监藏从被羁押处逃脱，于是爆发了本禅率领的各万户与帕木竹巴之间的战争。赏竹监藏交战获胜，巩固了称霸前藏的优势。1350年初，赏竹监藏派人到大都，为自己对抗萨斯迦本禅辩护，并请求朝廷赐还被本禅褫夺的万户职权、减免一半赋役。元廷赐万户所佩银字圆符二枚，准予除驿站差发外减免一半赋役。接着赏竹监藏又乘萨斯迦内部发生帝师二子囚禁本禅加瓦藏卜的变乱，出兵后藏，占领萨斯迦寺。加瓦藏卜本禅被救出后，表示愿意奏请皇帝，举荐赏竹监藏作本禅。后者傲慢地回答：“较之本禅，还是我目前的万户长职务好。我起誓，我根本不羡慕本禅职务。”1357年，他又从朝廷求得“大司徒”的封号和印玺。
因此，从1350年起，萨斯迦本禅虽然仍旧存在，但统治前、后藏的实际权力，早已转移到不屑称本禅、宁愿自称“第悉”（sde-srid，译言“摄政”）的帕木竹巴派首领的手中。赏竹监藏在他的类似遗嘱的告后人书里说，“对待宣慰使司和各地大小首领，应像裁剪小孩的衣服一样临机处置”。乌思藏宣慰司在这个跋扈的“大司徒”眼中，已经完全没有什么权威可言了。
黄金家族曾按吐蕃佛教各派所统僧俗人户在各支成员间进行分封，由此与藏地人户结成领属与被领属的关系。这绝不是一般的“施主—福田”关系，而是按家产制的观念将藏地完全纳入元朝政治统治体系的一种方式。元代藏地的政教势力把元帝的“札撒”（圣旨）、宣政院的“札付”文书、朝廷颁发的金银字牌符和印章看做自己权力合法性的依据。他们要打倒敌对势力时，务求剥夺对方所有的这些权力象征。他们在与藏域的地方政权发生对抗时，往往要派人到朝廷为自己辩解，求得元廷对其行为的认可。直到元末，他们对中央政府承担的赋役和驿站差发，未经朝廷同意豁免，也不能擅自停止缴纳。“本禅”、“本巴”等词语的产生，有力地证明了内地中央王朝的政治权力及于藏域的事实在藏人政治观念中的反映。省政、王政与段氏大理“唐标铁柱，宋挥玉斧，元跨革囊。”
——昆明大观楼长联省政与王政并莅从8世纪中叶到13世纪中叶，云南先后被独立于中央王朝的区域性政权南诏和大理所统治。唐王朝曾遣使与南诏王会盟于点苍山（在今云南下关）下，并树立铁柱以为见证。北宋平灭蜀地后，统兵大将王全斌向宋太祖献图，建议乘胜进军云南。宋太祖用玉斧比划着舆图上的大渡河说：“此外非我有也。”云南“正朔不加，车书不一”，长达500多年。
根据云南地方史书，元与大理之间最早的直接军事冲突，发生在1244年。大理国权臣高禾（一作高和）领军，与从灵关（在今四川雅安西南）南下的一支蒙古偏师交战于大理北境，战死。近代在云南丽江九和里白王庙遗址发现的圮塔残砖，上刻“……兵到高逾城白王在阵亡……”“……追为高逾城和高福善及战亡……”等汉字和梵文咒语。这座白王塔，显然是为纪念阵亡的高禾建造的。
蒙哥即大汗位后，命忽必烈率兵进征南宋。忽必烈奏准蒙哥，先攻取大理，以迂回包抄南宋。1253年夏，他从漠北进抵六盘山驻牧；至秋，挥兵南下，由川西入滇，乘皮囊、木筏渡金沙江，直逼大理国首府大理城。所谓“元跨革囊”，即指此。大理国主段兴智和重臣高泰祥杀谕降使臣，迎战失利后，弃城东逃。不久，高泰祥被追兵擒获，处死前叹曰：“段运不回，天使其然。为臣陨首，吾事毕矣。”1254年初，忽必烈留大将兀良合台继续攻略未下诸地，自己由原路北返。秋，兀良合台克鄯阐（今云南昆明），追获段兴智。乌良合台转战云南各地再历两年，遂收服“大理五城、八府、四郡，洎乌、白等蛮三十七部”。段兴智被遣送到大汗处北觐。翌年献地图，“条奏治民立赋之法”。蒙哥许其仍用“摩诃罗嵯”（梵语，译言“大王”）的名号，管领云南诸部。
古代文人段氏灭国的最初20年间，元对云南实行的基本上是军事占领式的统治，大理国时代的行政地理概念仍得到保留。所谓“五城”，即洱海沿岸大理国的王畿内诸城；“八府四郡”都是王畿之外分封给权贵（主要是高氏）的行政区，主要分布在滇东和滇西北；“三十七部”则是散布在今滇池和抚仙湖周围广阔地带的各部族酋寨，其中的主要成分大概是乌蛮。按照蒙古人的概念，则当地云南包括了哈刺章、茶罕章、鸭赤、赤突哥儿和金齿等几大部分。作为专称，哈剌章指滇西的大理王畿或者大理城。蒙语哈刺译言黑，与哈剌相对的是茶罕，译言白。茶罕章指位于吐蕃与大理交界处的今云南丽江。两个名词中都有“章”，应当是蒙古人从吐蕃那里听来的他们对云南地区及其居民的称呼，因为吐蕃把南诏称为hjang。至于hjang的来源就更加古老了，它原先是吐蕃对南北朝时期南中著名统治家族痞氏的姓氏之音译。鸭赤指今昆明。这是蒙古人从云南地区最先归附他们的丽江“茶罕章”（纳西人）那里听来的。纳西语至今称昆明为yichi（纳西语南方的意思），因为它是纳西人居地南方的大城。赤秃哥儿是蒙语chitkcr的音译，意思是“鬼”。元代蒙古人用它指称滇东北和黔西地区以及居住在这里的乌蛮（罗罗斯）诸部。从宋代开始，这里就有一个著名的地域性部族集团“罗氏鬼国”（或称罗鬼）。蒙语的赤秃哥儿即对罗鬼之名的意译；再从蒙语倒译为汉语，遂产生了“鬼蛮”这样的名称。金齿“国名百夷”，指大理西部的傣语居民。上述五部分中间，最核心的地区是哈刺章和鸭赤。南诏、大理立国于滇西500年，哈剌章又是最重要的政治、经济和文化中心。所以这个名称亦可用来泛称整个云南。
忽必烈即位后，始而加强对云南的控制。中统年间先后置大理国总管（仍用段氏）、大理元帅府。至元四年（1267），封皇子忽哥赤为云南王，王府之外又置大理等处行六部，用云南王和行六部限制段氏的行政权力。朝中有人对于派忽哥赤到“荒服”之地表示担心。忽必烈说：“我实在很喜欢那里的风土。如果不是天命落在我的身上，我一定会请求把自己分封到那里去的。”忽哥赤莅镇云南不出四年，被都元帅宝合丁和行六部尚书兼王傅阔阔带合谋毒死。此后云南局面一直不稳。十一年（1274），元廷命赛典赤瞻思丁带中书省平章政事的相衔行省云南。元对云南的统治遂进入一个新的时期。
赛典赤祖先是中亚不花剌城（今译布哈拉）的贵族。他本人从侍奉成吉思汗起家，历仕诸汗，“功闻五朝”，积累了各方面的经验。回回人长于理财，他曾经是蒙哥得力的财政官僚。他也曾长期担任地方行政首脑，甚至还作为统军将领，在前线带兵与宋军对垒。忽必烈要找一个谨慎、宽厚的官员去“怀柔”云人，结果选中这个兼有治军和经济才干的全才型政治家。他确有知人善任的高明本领。
以赛典赤为首的新的统治云南的机构，没有设立在大理城，而建治于鄯阐。这不但摆脱了段氏对行省治政的干扰，而且反过来把世任大理总管的段氏的势力钳制在滇西，尤其是大理地区范围之内。因赛典赤的建议，元廷改变对云南实行军事占领式统治时期以当地首领充任万户、千户官员兼摄地方行政，军民不分治的局面，在各地遍置郡县。郡县行政官员均由朝廷委派。由于离开中央政府太远，元政府后来规定，三年一次遣使云南，会同行省首脑长官，就便委任或迁调六品以下官职，事后呈中书省追授。五品以上官员则仍需移咨中书省铨注。边远地区的土官有品秩但不入迁流，死后由其兄弟子侄袭职。为鼓励内地官员到云南任职，至元后期宣布，中书省直辖地区的官员迁调云南，可升二等任用，去极边重地任职甚至可升三等。在云南做吏员，出职进入流官行列也比内地容易一些。官员病死云南任上，可由政府提供驿站服务，归葬原乡。云南地方官本来有权擅决死罪，至元二十年诏，自后死刑判决仍须像其他地方一样，报中央政府审核。行省建立后，对云南的治理逐渐被纳入与元对其他省区的统治相一致的体系，虽然云南比在中原汉地罢世侯、军民分治、立迁转法晚了十多年。
除行政建置方面的大规模调整，赛典赤在云南的治绩，在纪念他的“德政碑”里被概括为：“省徭役，招散亡，恤鳏寡，兴儒教，备水抗旱灾，礼接贤士。削去冗官，建屯田，制楮币（发行纸币），设路食以待劳民，薄征税以广行旅。”元代云南社会，在建省后的二三十年，也就是赛典赤和他的儿子纳速刺丁、忽辛等在云南任职的时期最为繁荣安定。这表明赛典赤的上述治滇方针是收到了一定程度的实效的。
元成宗以后，元朝封在云南的出镇宗王势力渐大，世袭大理总管的段氏也羽翼再丰。双方“一恃宗亲，一恃故物”，因两不相下而交恶，同时又都对行省形成牵制。三种政治势力间错综复杂的关系，逐渐把云南统治当局的内部矛盾推向尖锐。
赛典赤入滇时，有“宗王脱忽鲁方镇云南”。至元十七年（1280），即赛典赤死于云南任上的次年，被毒杀的忽哥赤之子也先帖木儿得袭封云南王。至元二十七年，忽必烈复以皇孙甘麻剌（真金子）为梁王，镇鄯阐，地位在建藩哈刺章的云南王之上。二十九年，甘麻刺徙封晋王，移镇漠北。次年，其子松山袭封梁王。至大元年（1308）初，也先帖木儿从二字王进封为一字营王，离开云南。武宗怕梁王势大难制，以其“有风疾”将他召回，另任诸王老的（忽必烈第七子奥鲁赤之子）代镇，仍封云南王。老的出镇不久，就想把势力伸向大理总管段光控制下的滇西。至大二年，双方的冲突发展到以刀兵相见，段光战败。他惧梁王遣兵西袭，派高蓬守重镇罗那关（在今云南牟定西）。梁王想收买高蓬，高蓬写诗回绝。诗云：“寄语下番梁王翁，檄书何苦招高蓬。身为五岳嵩山主，智过六尺缩地公。铁甲铁盔持铁槊，花鞍花索驭花聪。但挥眼前黄石阵，击破孤云几万重。”梁王乃重赂高蓬的厨人刺蓬。厨人以蓬首出献，梁王杀之以自解。
七年之后，老的北觐仁宗，未详以后他是否返回云南。我们只知道英宗（1320）即位后，又把云南王转封给松山的儿子王禅。松山和继承英宗皇位的泰定帝同为甘麻剌之子。所以泰定帝一即位（1323），就把王禅由云南王晋封为梁王，又以王禅子帖木儿不花袭封云南王。
泰定帝死后，王禅和帖木儿不花都支持他的儿子阿刺吉八即位，成为上都集团对大都派发动汗位继承战争的中坚。上都战败，王禅赐死，甘麻刺系在云南的势力瓦解。由于两都之战的战场在北方，云南本地未受其害。但在紧接着发生明宗（和世）被文宗（图帖睦尔）集团毒死的事件后，驻扎在云南的效忠于明宗的诸王秃坚等终于由观望和消极抗命的立场转而公开称兵，史称“秃坚之乱”。从至顺元年（1330）正月到翌年夏初，战火弥漫整个滇东北。在此之前，云南无战事已历半个世纪之久。变起仓卒，人心危惧。元廷先后调四川、江浙、河南、江西、陕西、朵甘思、朵思麻等处军队平乱。云南社会经济因此遭受不小的破坏。
元统二年（1334），元廷又封阿鲁为云南王。继任阿鲁的孛罗是忽哥赤之子也先帖木儿的幼子。至此，莅视云南的出镇宗王重新由忽哥赤系来担当。这时候云南王的王府大概已设在中庆（治今云南昆明）。孛罗何时由云南王晋封梁王不详。元末的梁王也可能是云南民间对云南的俗称。
1350年代后，元朝统治被红巾军起义后形成的几个农民政权严重削弱。至正二十三年（1263），建立夏政权于四川的明玉珍遣兵攻滇。梁王从中庆退至威楚（治今云南楚雄），向当时的大理总管段功求援。段功领兵东驰，与明玉珍军转战于从吕阁（在今云南南华）到古田（在今云南寻甸）的广阔地域，屡败之。段功在夏军中劫得明玉珍母亲写给儿子的家书，乃模仿明母笔迹伪造一封家书，命入滇兵马“蚤归”。夏军遂退兵四川，临行大呼“待明年来复仇”。段功追至七星关（在今贵州赫章东北），大胜而还。
第八章
为报答段功出兵求助，梁王以女儿阿公主嫁之，并奏请朝廷授段功为云南行省平章。这位大理总管贪恋新欢，留在中庆城里迟迟不肯西归。他的正夫人高氏从大理寄给他一首词说：风卷残云，九霄冉冉逐。龙池无偶，水云一片绿。寂寞倚屏帏，春雨纷纷促。蜀锦半闲，鸳鸯独宿。好语我将军：只恐乐极生悲，冤鬼哭。
段功乃归大理，但不久他又重返中庆。梁王受谗人挑唆，开始怀疑他有“吞金马、咽碧鸡”（金马、碧鸡是中庆远郊的山名）之心，于是密召阿公主曰：“亲莫若父母，宝莫若社稷。现在段功不灭我不肯甘休。你失去他，还可以再嫁其他高官以保富贵。现在给你一副孔雀胆，可以找机会毒死他。”阿褴把此事告诉段功，表示愿与段功一起西归大理。段功却不肯相信，说：“我对你们家有功。我脚趾伤，你父亲还亲自为我裹扎。你为什么要这样骗我？”
虽经阿三谏，段功终不悟，遂于1366年被梁王设计杀害在通济桥（在今昆明市内）。阿闻讯，欲自尽以示“不负信黄泉”，因梁王看管深严，不克遂愿。据说她曾经写诗明志云：“吾家住在雁门深，一片闲云到滇海。心悬明月照青天，青天不语今三载。欲随明月到苍山，误我一生踏里彩（里彩指彩缎被褥）。吐噜吐噜（意谓无知，或云可惜意）段阿奴（公主称段功为阿奴），施宗施秀（指与段功前后死去的两个大理人）同奴歹（歹意即死去）。云片波磷不见人，押不芦花（此处作西域传入的起死回生药解）颜色改。肉屏独坐细思量（肉屏原指骆驼，此处疑为玉屏的谐音，指昆明近郊的玉案山），西山铁立（指昆明西郊的西山松林）霜潇洒。”诗写得不算好，却充分反映了阿思念段功的真情实意。权力倾轧无情地粉碎了骨肉之爱，只留下受害者的哀吟让后人凭吊。
梁王害死段功后，先后七次派人暗杀段功子段宝，都没有成功。1367年西攻大理，不克制胜，乃在大理土官杨宝调解下与段氏勉强和解。1368年，元顺帝被明朝军队侵逼，退出大都。段氏与梁王虽各守其土，但都奉北元为正朔。此后明氏夏政权曾再度南侵鄯阐境。梁王“奉金印玉书”向大理借兵，被段功子段宝拒绝。段宝致梁王诗有“自从界限鸿沟后，成败兴衰不属吾”之句。
明洪武四年（1371），割据四川的明升（明玉珍子）政权亡。明廷派王祎（即明初修《元史》的主编之一）谕梁王归附。梁王犹疑两年多，杀王祎拒降。洪武十四年（1381）秋，明军30万，由傅友德、蓝玉、沐英率领，一路由永宁（治今四川叙永西南）经由滇东北南下，主力从湖南穿越贵州境，渡北盘江至石城（今云南曲靖），向西进逼中庆。双方会战于坂桥（在今云南昆明东），梁王把匝剌瓦尔密溃败，弃中庆城遁走。明军出师不满百日，克云南首府。十五年（1382）初，威楚降；梁王眼看大势已去，在晋宁（在今云南晋宁西晋城）投滇池自尽。
在大理，段宝死于1370年，子明嗣。明军进征云南前后，段明死，由叔父段世权国事。洪武十五年明军至威楚，段世遣使致书，请依“唐、宋故事”，奉正朔、修岁贡，在大理保持相对独立的段氏政权。明军不许，进灭大理。
至此，元朝对云南的统治，在它的中央政府退出大都十三年后，终于完全结束。段宝的二孙，被朱元璋派到西北卫所做军官。据说甘肃永昌曾有大官庙、小官庙，就是祀奉他们两人的。“汉佛”入滇云南一向是中国历史上民族分布最复杂的地区。大体上讲，说壮侗语的部族集团自东向西，说藏缅语的部族集团从北到南，苗瑶语集团从东北向西南，古代还有说孟—高棉语的部族集团由西南向东北，交叉、重叠地分布在这块多高山峡谷、盆地零碎的亚热带土地上。除平面上的交叉分布外，不同的种落集团往往还因相对海拔高度和自然条件的差异，在同一地区内形成水田稻作、旱地农作和山地畜牧等经济形态各异的立体分布的部族文化。在古代，这里的有些部落与汉族之间需要经过“重译”（即不止一次的翻译），才能互相沟通。
自两汉以来，汉民族人口也曾不断迁入云南，两晋时代“南中”著名的痞氏，就是汉代迁到那里的汉族大姓。随着后来的战争和长期隔绝状态的发生，人口数量上占据劣势的汉族逐渐融合在当地土著居民中，但同时也毕竟把一部分汉文化传播到所在地区。南诏国建立以前，洱海周围的白蛮中，有杨、李、赵、董等大姓，可见汉族的姓氏已进入一部分讲彝语的部落民中间，汉文在南诏的乌蛮与白蛮上层似乎已是一种通用的文字。研习汉文无法与学讲汉语的过程完全割裂。所以，要说在南诏和大理的上层集团中流行双语制，大概没有太大的问题。汉语和汉文又将一部分汉文化中的文物制度带入云南，因此有人说，大理国时期，“宫室、楼观、言语、书数，以至冠婚丧祭之礼，干戈战阵之法，虽不能尽善尽美，其规模、服色、动作，云为略本于汉”。
汉文化对元代云南的影响，由于此疆彼界的消除和长期和平环境的滋育，在规模上远远超过了前代。如果说从后唐到南宋，“中国相寻于干戈，独云南一隅享太平者三百余载”，这是以洱海和滇池两个地区为中心的云南文化进一步整合为一体的时期。那么元代开启了云南与中国内地大面积经济文化交流和整合的崭新时期。官僚、兵士（很多变成屯田的农民）、商人、宗教人士、手艺人，从来没有这么多的内地居民到这里长期生活，甚至就定居在那里。因《大理行纪》而闻名的郭松年当时就意识到，云南被纳入统一的全国政权之中，将会对它的经济文化繁荣产生巨大的推进作用。他在中庆筇竹寺中写的一首诗说：“南来作使驻征鞍，风景还惊入画看。梵宇云埋筇竹老（筇竹寺在玉案山上，故云），滇池霜浸碧鸡寒。兵威此日虽同轨，文德他年见舞干。北望乌台（指御史台）犹万里，几回挥泪惜凋残。”
云南与内地的交通条件，在元代获得很大的改善。元以前，北方与云南之间最主要的通道，就是忽必烈征大理时走的“忒剌道”。即从临夏向南到今甘肃迭部，再一直往南偏西穿越东部藏区至理塘，进入今云南丽江地区。元置云南行省，政治中心从大理东移中庆，遂逐渐建立以今昆明为中心的辐射状交通体系，先后接通与四川、湖广等省的驿道。从省治东北行，一路往乌蒙山区出省，可至四川叙州（今四川宜宾），一路取道曲靖、乌撒（今云南威宁）出省，可至四川永宁、纳溪。自中庆出发，还有一条驿路北达川陕地区。其路经武定向北，贯穿罗罗斯部居地（在今四川凉山和西昌），经大渡河至黎州（今四川汉源北）、雅州（今四川雅安），与成都陆路通。不过这条道路“烟瘴生发，所过使臣艰难，人马死损”，所以使用率或许不高。至元末，在中庆至曲靖、普安的站道以东又加设四站，贯穿罗殿及其以东的八番顺元地区（两地分别在今贵州的西部和中部），达于黄平（在今贵州）、镇远（在今贵州），而与湖广行省的驿道干线沟通，经辰州（今湖南芷江）、沅州（今湖南沅陵）北趋。这条路“山势少通，道径平稳，又系出马去处”，日益成为云南与内地相联系的交通要道之一，后来明军主力入滇，所循即此线路。此外，由东南出省至湖广南部（今广西地区），由东北出省至亦奚不薛（彝语。意为“水西”，指今鸭池河以西地），也都有驿道相联。
古代司塾元代开省云南的第一任长官赛典赤瞻思丁，在推进云南的经济、文化发展方面起了非常积极的作用。当时云南各地种植的水稻，主要是糯稻，很多地方没有粳稻；当地虽有桑麻，但因“未得其法”，也不能获得充分的收益。这时候粳稻种植的推广和桑麻技术的改进，对改善民众的吃、穿两件大事，当然有很重要的意义。赛典赤以漏籍民户组织民屯。以官给田补充民间私有田的不足。参加民屯的农户共14000多户，在中庆地区的有4000户，垦田8万亩。滇池出水道淤塞，“夏潦暴至，必冒城郭”，造成水患。赛典赤命张立道疏通滇池下游泄洪道；浚修滇池以北的盘龙江，减轻滇池蓄纳北部山水的负担；又在滇池周围灌区浚沟造坝，改善了数十万亩农田的灌溉条件。
文献还记录了赛典赤确立云南赋税体系的经过。赛典赤问来访的“夷”民：“我想以土田招你们分种，要借给你们耕牛粮种、耒耜蓑笠之具。估计一亩可以收多少？”回答可收二石。他又问：“能给官府缴纳多少？”答曰一半。赛典赤说：“太重，以后将不能承受这样的负担。要是今后不再借牛、种和耒耜之具给你们，牛死了要买牛，农具坏了要修理，一家衣食所须。收成的一半怎么能够供给？”“夷”人答曰：“那么就以三分之一缴官。”赛典赤说：“你们虽然能缴得起，只怕你们的子孙会缴不起。今后继我上任的人，一定要你们缴满这个数目，那就上下之间互相敌恶了。我与你们相约，你们不要违反我，一亩缴纳二斗，千万不要拖欠！”民情大悦。有人问：“地租很轻，就是路太远，无法运来完纳，怎么办？”赛典赤调查了各人所在地区的物产之宜。规定宜产马处则缴马，宜产牛处则缴牛，都与租米之价值相当。不产马牛之地则缴银。明初转录这件事的作者接着说：“今之粮折牛马、粮折银是也。”据《元史》，赛典赤死后，忽必烈“诏云南省臣尽守赛典赤成规，不得辄改”。看来这条诏令终元之世都在实行。
入元以前，云南的汉文化虽然已有一定范围的传播，但比较受到重视的是在器用服食、辞章文彩方面。当地最受人尊崇的汉族人物，是书法家王羲之。他们不大知道孔子，而把“王少逸”（即王羲之）当做“先师”来祀奉。云南建省后，元政府命令各地官府设立儒学孔庙。当地人自此知道崇拜孔子，把他看做“汉佛”。当时在一般民众中间，男女往往自相配偶。父母亲人死后就用火葬，没有什么丧祭。跟孔孟之学一道传入云南的，有所谓“拜跪之节，婚姻行媒。死者为之棺椁奠祭”。这一套礼仪，今天看起来当然有很多消极的成分，但在当时却是催化一个文化共同体的感性经验和共同心理意识的必要符号体系。
至元十一年，赛典赤抵云南当年，即在中庆、大理两路设儒学提举。中庆首建文庙，岁祀于春秋二季的第一个丁日，招收学生入儒学研习。十九年，云南诸路普遍建学立庙，“以祀先圣”。由于这一批学校的建立，使云南诸生有可能比较系统地研读儒家经典。这对于改变云南先前以儒附释的“儒释”或者“释儒”文化，是一个很大的推动。